Die operative Führung der Siemens-Stiftung liegt beim Vorstand der Stiftung.
Er führt die Geschäfte der laufenden Verwaltung nach Maßgabe der Gesetze, der Stiftungssatzung und der Beschlüsse und Weisungen des Stiftungsrates. Der Geschäftsführende Vorstand (Ulrike Wahl) ist hauptamtlich, der Vorsitzende des Vorstands (Dr. Stephan Heimbach) und der Finanzvorstand (Georg Bernwieser) sind ehrenamtlich tätig.