Die operative Führung der Siemens Stiftung liegt beim Vorstand der Stiftung. Er führt die Geschäfte der laufenden Verwaltung nach Maßgabe der Gesetze, der Stiftungssatzung und der Beschlüsse und Weisungen des Stiftungsrates. Hauptamtlich tätig sind Dr. Nathalie von Siemens (geschäftsführender Vorstand und Sprecherin des Vorstands) und Rolf Huber (geschäftsführender Vorstand). Finanzvorstand Georg Bernwieser ist ehrenamtlich tätig.